從鐵路局數量的變化和鐵路局平均營業里程變化看，中國鐵路改革重組的取向是調整運輸生產布局，擴大調度指揮的時空跨度，實現鐵路企業路網邊界、管理邊界和產權邊界的重新界分，組建較大規模的鐵路企業。 　　2005年，鐵道部對組織結構和管理價格進行了較大調整，撤銷了41個鐵路分局和2個鐵路公司，成立太原、武漢、西安鐵路局，同時實施鐵路局直管站段，運輸生產站段數量由調整前的1504個減少到目前的857個，形成了目前按行政區域劃分的鐵路局（16個鐵路局、2個鐵路公司）和專業運輸公司的組織結構。
　　中國鐵路政企分開的前提是：鐵路局能夠獨立進行收入成本核算、自負盈虧。因此，清算制度調整過程體現了鐵道部欲使鐵路局收入顯性化的思路，通過逐步停止收入調節制度，使各鐵路局能夠成為獨立核算的經濟主體。
　　然而，目前除合資鐵路采用“合資地方鐵路企業清算辦法”（如羊鐵公司、大秦公司），實行“收入來自市場，提供服務互相清算”的清算原則，國鐵的清算制度本質上仍然是鐵道部統一領導下的二次分配，財務管理依然是收支兩條線，各路局的運輸收入依然是由鐵道部“統收、統支、統分”的清算模式。
　　當然，在當前鐵路運能不足，跨局運量比重大、公益性運輸任務重的情況下，對現有的按行政區域劃分的路局組織結構實行鐵道部統一清算是必要的。統一清算可以節省交易成本、提高鐵路整體運能與效率。
　　我們認為，盡管目前的清算制度還不能滿足真正政企分開的要求，但清算制度調整的方向昭示了最終的目標是區域公司，并且為未來的客貨分離打下了基礎。不過，如果要使鐵路局真正實現政企分開，并進一步實現干線一體化，對清算制度的進一步改革就是不可回避的了。