營運屆滿四周年的南竿機場，啟用至今也已將馬祖主要對外交通，從以往的海運轉為空運。據南竿航空站統計數據顯示，由南竿往返臺北、臺中航線旅客運量2003年為143,850人次，貨運量為251公噸。2004年為203,861人次，貨運量為310公噸。2005年為190,504人次，貨運量為296公噸。2006年為180,390人次，貨運量為688公噸。2007年1月1日至23日止為8,043人次，貨運量33公噸。營運四年旅客人次總計726,648人，貨運量1558公噸。
這持續成長的載客數，也讓南竿——臺北航線在2006年立榮航空公司臺灣各航線載客率高居第三，僅次于臺東——蘭嶼及臺南——金門航線，相較臺灣本島幾條載客率較低的航線，離島地區航線未來應該還是屬于航空公司眼中的熱門航線。
