然而，部分現行政策制度滯后于加工貿易發展實踐，加工貿易轉型升級對現行制度提出了五項需求，亟待引起有關部門的重視：
放寬加工貿易范圍。監管部門對加工貿易的管理集中于對企業生產制造環節的關注，把有形物質監管、實質性加工、企業生產能力、出口成品與進口料件的數量對應關系作為開展加工貿易必不可少的關鍵條件，直接導致我國無法將技術含量高、增值收益大的研發設計、營銷以及后續服務等環節納入加工貿易業務范圍，已嚴重不適應當前產業鏈環節外包化的加工貿易發展趨勢，制約了加工貿易產業鏈的延伸，影響了加工貿易的轉型升級。例如，目前在我國東南沿海地區已成領軍之勢的 IT、IC產業，其產業鏈上游的集成電路設計和軟件開發產業、下游的維修檢測等業務需求旺盛，但現有限制性規定卻斷裂了上下游企業之間的關鍵鏈接，加工貿易也被壓縮在狹窄的低收益空間。
拓展保稅區域功能。目前我國出現保稅區、出口加工區、保稅港區、保稅物流中心、保稅物流園區等多種特殊監管區域(場所)，均是應加工貿易生產、商務、物流等方面的需要而設立的，但所有功能區域(場所)之間都是割裂的，市場主體不可能在一個區域(場所)中獲得所需的整套服務，導致加工貿易生產加工與物流服務相脫節，研發、制造、營銷環節相阻隔，同時造成企業操作手續繁瑣、監管部門壓力較大、社會資源浪費嚴重等一些負面現象。
明確準入退出標準。制定產業指導目錄，建立加工貿易準入退出機制，是引導轉型升級的重要手段。我國現行政策并未對加工貿易的技術水平進行甄別，而是將簡單工藝加工貿易和高附加值、高科技產品加工貿易不加區別地給予優惠，沒有很好地體現國家的產業政策精神，不利于我國的加工貿易向延伸產業鏈、提高增值率和技術含量的方向發展。而有時因為一些政策目標，又簡單采取"一刀切"的辦法予以限制。但在同一產業內部，不同企業之間的生產環節、工藝技術、成品科技含量往往存在較大差異，對資源消耗、環境污染、貿易摩擦等指標有著不同的影響。江蘇蘇州地區某紙業集團從國外進口紙漿，出口成品紙張，耗能高、污染重、消耗森林資源多的制漿工序已在國外完成，對境內的資源、能源、環境壓力并不大，產品增值率也比較高。但因造紙行業屬于高能耗、高污染產業，自2006年1月1日起已不被允許從事加工貿易業務，結果技術先進的企業也被連坐而"一網打盡"。
便利監管模式。在目前的監管模式中，商務、海關、國稅、外匯管理等部門各自為政，分線管理，各個部門往往從本部門管理方便的角度出發，較多關注如何防止不法企業利用加工貿易政策"走私"、"騙退稅"，對于如何鼓勵加工貿易提高產業層次和加工深度，增強國內配套能力，促進國內產業升級，從而提高其對國民經濟貢獻這個根本的政策目標，卻考慮得較少，對加工貿易轉型升級的整體需求難以迅速有效地形成綜合性的公共政策回應，導致行政效率損失。同時，該監管模式側重于審批，如企業僅在海關就要辦理備案、核銷、補證、補稅等諸多審批手續，再如深加工結轉或外發加工還需逐票審批，繁冗的行政審批已不符合加工貿易轉型升級對物流時效和成本控制的要求。
完善稅收機制。就稅收激勵機制而言，缺乏從加工貿易轉型升級角度考慮的技術性安排，如對研發中心的具體運作就缺乏實質性的激勵措施。目前的國家出口退稅制度存在對國產物料的征退稅差(征17%，退13%)，打擊了加工貿易企業加大國內采購力度的積極性。就稅收保全機制而言，原有的加工貿易保證金臺帳制度側重于對企業的海關信譽的引導，缺乏對加工貿易轉型升級的政策引領功能。就部門間政策配套而言，目前海關對出口到加工區、保稅區和保稅物流中心的加工貿易貨物都視同實際出口予以核銷，但稅務部門只認同出口加工區和保稅物流中心予以退稅，阻礙了加工貿易產業鏈向倉儲、運輸等國內相關產業環節的延伸，抑制了增值率的提升；而對于深加工結轉業務，海關手冊核銷時視同實際出口，但稅務部門則必須實際出口才予退稅，客觀上導致企業采取"香港一日游"等方式，犧牲物流成本換取出口退稅，增值收益被無端空耗。
