藥品零售連鎖企業的物流管理主要是對藥品實物流通的管理，包括配送中心和連鎖門店的設置，藥品在時間和空間變化過程中的管理以及物流信息系統的管理。合理化物流是指設備配置和一切活動趨于合理化的物流過程。合理化就是對物流系統進行調整改進的優化，目的是達到以盡可能低的物流成本，獲得盡可能高的服務水平。連鎖經營中的合理化物流包括兩個方面的內容：一是要保證連鎖企業利潤最大化。二是配送中心子系統的合理化。 　
    物流合理化企業效益增 　　
    合理化物流應保證基本的服務水平，如連鎖門店訂貨的準確性、配送的高效性和信息交流的通暢性，從而實現連鎖企業的規模效益。 　　
    通過對整體供應鏈的協調，實行大批量的統一采購，可以在較大范圍內選擇有利資源，獲取較大的價格優惠。同時，規模運輸與合理配送的實現，可降低物流成本，從而實現連鎖企業的價格優勢。 　　
    通過對物流系統進行整體優化、合并，減少不必要的物流活動，消除物流中的作業浪費、時間浪費，提高設施、運輸工具使用效率，提高物流多元化服務，可以解除連鎖門店在庫存調節、商品養護等非銷售業務上的負擔，提高連鎖門店的銷售專業化水平，實現資源的優化配置。同時，合理化物流規劃了運送時間，實現在某一成本范圍內，最快地送 達藥品，從而縮短各連鎖門店訂貨的前置時間，有效地減少了連鎖門店的庫存量，這不僅降低了庫存費用，而且減少了對庫存商品的管理作業，提高了各連鎖門店的銷售專業化水平。 　　
    成本有升降發展能長遠 　　
    ———在提高服務水平的同時降低物流成本。這種所有連鎖企業夢寐以求的合理化方式似乎過于理想化，但確實是可能實現的。隨著物流服務水平的提高，物流成本中有一部分會隨著物流服務水平的提高而上升，但也有一部分成本可以設法降低，企業可通過使成本的降低額大于用于服務水平提高而增加的成本，以達到物流合理化的目的。 　　
    ———保持原服務水平或適當降低服務成本，使成本下降的程度遠遠大于銷售額下降的程度。這是許多連鎖企業為降低成本而普遍采用的一種合理化方式。 　　
    ———建立完善高效的計算機化、自動化和現代化的配送中心。這種成本的增加，雖然短期內看不出效益，但如果能對連鎖企業長遠利益起巨大作用的話，那么也不失為一種合理化物流的方式。