民營物流企業(yè)逐步完成原始積累之后，在發(fā)展戰(zhàn)略、管理體制等方面已不能適應企業(yè)規(guī)模的擴張與發(fā)展，難以繼續(xù)高速增長。目前遭遇的難題具體表現(xiàn)在以下八個方面： 

一是稅收方面的問題。把物流環(huán)節(jié)集成整合、一體化運作，是物流企業(yè)的基本模式和優(yōu)勢所在，提高了物流效率，節(jié)約了社會資源。但記者采訪發(fā)現(xiàn)，目前的稅務設計，對運輸和其他物流業(yè)務實行不同的稅率和增值稅抵扣政策，不僅不利于物流企業(yè)的一體化運作，而且會造成企業(yè)在實際操作中人為調節(jié)運輸收入和其他物流服務的收入比例。 

　　隨著專營物流業(yè)的“物業(yè)”公司快速發(fā)展，更多的物流企業(yè)采取了租賃倉庫的做法，但租用倉庫的租金成本卻不能在營業(yè)額中扣除。按照目前稅法的規(guī)定，盈利要繳納所得稅，而虧損只能由企業(yè)自身承擔。就集團型企業(yè)來說，無疑增加了稅務負擔。此外，我國缺乏與物流外包形式相對應的物流專用發(fā)票，外包業(yè)務發(fā)生的代墊費用無法在營業(yè)稅中抵扣，造成物流企業(yè)普遍性的不合理重復納稅現(xiàn)象。 

　　二是交通方面的問題。我國部分城市的物流企業(yè)送貨車輛進城配送需要貨車《通行證》，通行證發(fā)放和貨運車輛進城沒有統(tǒng)一明確的標準，從正規(guī)渠道遠遠無法滿足需要。同時，高速公路通行費及過路過橋費收費標準仍然偏高。 

　　三是分支機構設立難。一些地方規(guī)定，物流企業(yè)設立分支機構要在當地找“掛靠單位”，強行要求進入指定經營地點，硬性規(guī)定車輛臺數，不分企業(yè)狀況交納押金等。許多地方出于地方利益考慮，要求物流連鎖經營單位在當地重新登記注冊，不允許注冊非獨立核算的分支機構，嚴重制約了全國性物流企業(yè)的集團化與規(guī)模化進程。 

　　四是中小物流企業(yè)融資難問題。民營物流企業(yè)體制靈活，發(fā)展較快，自有資金遠遠不能滿足企業(yè)發(fā)展的需要，又缺乏相應的抵押物，融資難問題十分突出，部分民營物流企業(yè)通過民間借貸等非正規(guī)渠道融資，造成了企業(yè)經營的風險及國家金融秩序的混亂。同時，物流企業(yè)與貨主之間的應收賬款拖期問題也比較嚴重，造成物流企業(yè)資金周轉困難，加大了經營成本與風險。 

　　五是貨物的安全和保險問題。據了解，僅宅急送總公司每年在航空公司丟失的貨物價值就在100萬元以上。但根據目前規(guī)定，鐵路和航空部門最高僅按每公斤數元到20元的價格賠償，也常常不在保險公司標準承保范圍之內，物流企業(yè)不堪重負。 

　　六是缺乏統(tǒng)一的格式合同。物流作為新興行業(yè)，尚沒有行業(yè)專屬的標準格式合同和統(tǒng)一專用發(fā)票。背書的標準交易條款是物流公司單方自行制定的，得不到法律的承認與保護。貨運單據的不統(tǒng)一，也造成了企業(yè)信息管理的困難和行業(yè)內部信息的交換障礙。 

　　七是關于物流設施建設的配套問題。目前消防管理部門對倉儲消防標準的規(guī)定不符合現(xiàn)代物流的管理特性，如庫房每3000平方米就必須建造消防隔斷、自動噴淋設施，造成成本過高、在北方寒冷地區(qū)冬季不適用等問題。部分沒有納入統(tǒng)一規(guī)劃、但已經自發(fā)形成的運輸集散地的物流場站面臨拆除和清理，對民營物流企業(yè)影響很大。 

　　八是物流企業(yè)職工技能培訓以及社會養(yǎng)老和保險問題。據記者了解，盡管目前已有物流師和采購師等證書資格培訓，但企業(yè)大量需要的技能型人才缺乏有效的培訓體系與機制。現(xiàn)行社會保險政策與民營物流企業(yè)的經營管理特點也有一定差距，農民工社會保險存在投保地與居住地不一致的問題，農民工無法享受部分社會保障，而企業(yè)由于社保的投入用工成本卻大大增加。