交通部日前發文對廈門港跨行政區劃對廈門灣港口資源進行整合實行一體化管理予以確認，該文件還確認由廈門港口管理局依據《港口法》的規定，履行東渡、海滄、嵩嶼、劉五店、客運、招銀、后石、石碼等8個港區的港口行政管理職能。2006年1月1日，根據福建省政府決定，廈門灣內廈門市所轄的港區與漳州市所轄的后石、石碼、招銀三個港區合并組成新的廈門港，成立廈門港口管理局，作為全廈門灣港口、航道和水路運輸實施行政管理的交通行政管理部門。由于跨行政區劃整合港口在全國尚屬首例，一體化管理不可避免地存在一些問題。貨物單證不統一一直困擾招銀、后石、石碼港區。由于廈門港一體化管理未得到國家交通部確認，三個港區身份無法變更。招銀港區招商局漳州碼頭公司的貨物進出口單證的目的港或始發港口岸名稱至今仍然是「漳州港」，頗讓船方、貨主費解，也為進出三港區的船舶帶來不便。此外，一灣兩港也帶來了重復簽證和重復收費弊端，增加船舶在港滯留時間和船方營運成本。此次交通部下文確認漳州三港區并入廈門港，為統一廈門港進出口貨物單證、降低船公司運營成本，提高廈門港綜合競爭能力創造了有利條件。另外，廈門象嶼保稅區海關早前亦處理了保稅物流園區與東渡港區首票「區港聯動」進境貨物，意味著廈門保稅區和物流園區與海港、空港、海關特殊監管區的通關聯動機制正式全面啟動，以「兩區」保稅物流中心為龍頭的海西保稅物流發展軸已初步形成。今年上半年廈門港口吞吐量平穩增長。前六個月貨物吞吐量4021.02萬噸，同比增加15.5%，集裝箱吞吐量219.8萬標箱，同比增加14.4%。