以往傳統(tǒng)的以物流職能為核心的物流組織結(jié)構(gòu)，其各部門過于強調(diào)單一的、獨立的物流基本職能，忽視各個職能間的關(guān)系。而不同的物流職能之間存在著嚴(yán)重的目標(biāo)沖突，具體有運輸成本與庫存量之間的交替損益、前置時間與運輸成本之間的交替損益、安全庫存量與庫存成本之間的交替損益、客戶服務(wù)水平與服務(wù)成本之間的交替損益等等。在這種結(jié)構(gòu)中，各部門為追求職能目標(biāo)而看不到全局的整體利益，也沒有一項職能對最終結(jié)果負(fù)全部責(zé)任，只有高層管理能看到全局，擔(dān)當(dāng)協(xié)調(diào)的角色。因而，不同職能間利益以及視野的不同會導(dǎo)致職能間不斷地發(fā)生沖突，都極力強調(diào)各自重要性。同時，由于職能經(jīng)理們看到的只是組織的一個狹窄的局部，及他們的職能所涉及的部分，因此，這種結(jié)構(gòu)并不能給管理者帶來關(guān)于整個組織活動的廣闊視野。 
    正如良好的物流管理理念隨時間的推移在不斷改變，數(shù)十年來，物流活動的組織結(jié)構(gòu)也從強調(diào)“物流職能”為核心轉(zhuǎn)變?yōu)閺娬{(diào)“物流過程”為核心。目前一個明顯的趨勢是，物流組織正努力將他們的運作能力更好地支持以過程為導(dǎo)向的管理，而不受功能集成或分割的影響。在以過程為導(dǎo)向的水平組織結(jié)構(gòu)中，當(dāng)職務(wù)是圍繞小組而非個人來進行設(shè)計時，結(jié)果就形成了工作團隊。物流組織中自我管理的工作團隊具有更強的縱向一體化，它擁有更大的自主權(quán)。給自我管理工作團隊確定了要完成的目標(biāo)以后，他就有權(quán)自主決定工作分派、工作作息和質(zhì)量檢驗方法等。這些團隊甚至常常可以挑選自己的成員，并讓成員相互評價工作成績。
    目前第三方物流服務(wù)供應(yīng)商提供的服務(wù)大都是以物流項目的形式存在，物流團隊可以針對客戶綜合的、個性化的物流服務(wù)要求，按照客戶的特點進行物流過程縱向重組，形成綜合的、一體化的物流服務(wù)項目，從而和客戶的整個供應(yīng)鏈的運作緊密結(jié)合。