兩岸三通昨日首航，但深港兩地對三通之后影響的研究一早已經啟動，香港新聞網上顯示，香港貿易發展局在2000年就已經做了調查，港府坦言三通后香港旅游、物流等方面的數據會下跌，但香港各行業都已經做好準備。深圳大學國際金融研究所所長國世平認為，三通后兩岸的金融合作空間還很大，香港金融業還有很大的舞臺。 
　　港國際航運中心地位未受沖擊
　　香港機場管理局公布的數據顯示，兩岸自7月開始周末包機直航后，香港航空客貨運量連續下跌4個月，最新公布的11月客貨運量分別僅有380萬人次以及30萬公噸，同比下跌5.6%及18.7%.因此，港府評估認為，大三通對香港的影響，最大的沖擊集中在空運的旅客和貨運量上。
　　香港貿發局轄下的物流發展咨詢委員會曾預測，直航后，經營港臺航班的國泰航空，每年利潤將減少6億港元。運輸及房屋局的統計顯示，2007年經香港國際機場乘坐航班往返內地的臺灣旅客約有270萬人次，約占機場全年旅客量的11.2%.
　　香港運輸及房屋局局長邱誠武坦言，臺灣經香港國際機場轉機往返內地的旅客量，及原來經香港轉運的貨物會受到較大影響，但這類貨物純粹在香港國際機場轉機，而不牽涉其他在港的物流工序。
　　他同時表示，港府已經制定政策鞏固香港物流業在區內的地位，包括擴大香港連接內地及世界各地的網絡，如港珠澳大橋、廣深港高速鐵路等，以擴大客流及貨源等。航空公司方面，香港國泰航空已經率先與南航等合作，實現了直航包機的廣、深、港、臺四地聯動。
　　港旅游業或損25億
　　兩岸“大三通”以后，內地、臺灣來往的旅客不必到香港轉機，香港旅游發展局預計，直航后香港每年會流失150人次來自臺灣的“入境不過夜”旅客。而花旗銀行最近也發布報告，預計香港旅游業每年將損失25億港元的旅游收入，到2010年香港在旅游、貿易、運輸的損失，會達到166億港元。
　　但港旅游行業對直航后的前景抱樂觀態度。香港旅游業議會總干事董耀中認為，盡管兩岸直航會減少在香港轉機的臺灣旅客，但更大程度上會刺激內地旅客前往臺灣，這個數字可能猛增千倍，只要有1/10的內地旅客選擇走香港，其實絕對數字是比以前多了，同時，不少在深圳、東莞設廠的臺灣人，仍然會選擇途經香港回臺灣。
　　香港運輸及房屋局局長邱誠武此前回答立法會提問時表示，在旅游方面，兩岸直航有助整個地區發展商務和休閑旅游，香港旅游業會因而獲益。為了吸引更多臺灣旅客到港，及方便旅客延長留港的時間，香港特區行政長官曾蔭權10月發表的施政報告中，亦宣布了有關便利臺灣居民來港經商和旅游的新措施。
　　直航促港金融往深度發展
　　港媒普遍預測，實現直航以后，大三通的下一個焦點將是金融經貿議題。香港政制及內地事務局局長林瑞麟昨天表示，兩岸三通是港府多年來支持的發展方向，因為只要兩岸關系更緊密合作，將有助區內經濟發展，對香港作為金融中心亦有幫助。
　　深圳大學國際金融研究所所長國世平認為，三通并不會影響香港國際金融中心的地位，但需要往深度服務發展。他認為，目前直航只是方便了兩岸人員、貨物的流動，資金的流動成本仍比較高，但兩岸經貿要進一步合作，必定要協商金融方面的交流與合作，當兩岸開始這方面的合作后，香港國際金融中心的作用可以得到很大的發揮。
　　他說，香港有一個獨立的金融體系，可以往成為人民幣結算中心的方向努力，從以往的中介角色，變為應用平臺。