據中國海關互聯網網站報道，12月15日是兩岸直航的第一天，各地海關紛紛采取措施確保直航通關順暢： 
    福州海關隸屬馬尾海關為了確保首航的順利進行：一是實行專人專崗，由多名資深關員組成工作小組，為直航貨物提供高效便捷的通關服務；二是采取“提前申報、貨到驗放”的便捷通關模式，企業可以提前三天就向海關進行申報；三是設立便捷通道和咨詢臺，引導企業和報關人員快速辦理通關手續；四是隨時與港區、臺辦等部門保持聯系，掌握第一手的船舶動態，確保口岸安全暢通；制定專門的通關預案，準備好應對各種突發情況。  
    廣州海關隸屬白云機場海關采取了多項服務措施做好貨運包機工作：一是主動加強與省市臺辦、兩岸航空公司、地面代理及口岸聯檢單位的聯系，了解航班計劃安排；二是約請執飛航空公司召開聯席會議，對海關貨物通關政策進行宣傳，主動詢問企業在貨運包機開通工作上的業務需求；三是對包機裝載貨物采取專人負責、專窗辦理的辦法，實行機邊監管、優先辦理結關手續等便利通關措施；四是要求業務現場對實際運作過程中碰到的問題及時反饋、及時研究解決。