2009年8月31日起實施的兩岸航空運輸定期化也使廈門首次實現了與臺灣的貨運空中直航。由于廈門出口臺灣的貨物很多，直飛在時間和運價上極富競爭力，因此航空公司訂艙情況十分可喜，出口艙位利用率基本保持在90%以上，國慶期間更出現了天天“爆艙”的情況。廈門海關積極調研協調，制定應急處置預案，主動宣傳海關監管規定和便捷措施，確保兩岸空中貨運直航順利開展。截至10月13日，該關共監管44個往返航次，進出口貨物924噸。