據廈門港口管理局快報統計，截至2008年12月27日晚12點，廈門港集裝箱年吞吐量突破500萬標箱，達到500.1萬標箱，漲幅達到10.26%，集裝箱業務繼續保持兩位數增長速度。
　　廈門港集裝箱干線港地位和區域性航運樞紐中心地位在世界經濟下滑，我國外貿出口增速下降，國際海運市場疲軟的嚴峻形勢下進一步提升。
　　為了適應新形勢，應對全球船舶大型化的趨勢，廈門港全面改善港口基礎設施。2006年投入資金26.5億元、2007年投入30.8億元打造深水泊位和深水航道。2008年廈門港再投入25億元，用于全面改善港口基礎設施。目前，廈門港擁有5萬噸級以上泊位37個，10萬噸級以上泊位21個，最大靠泊能力達到15萬噸級；進港航道水深達-14米以上，10萬噸級船舶可全天候進出港。
　　目前，船長397米、全球只靠泊8個碼頭的全球最大集裝箱船舶“艾瑪·馬士基”已累計順利靠泊廈門港7次；海滄港區7#泊位也已成功靠泊3艘15萬噸級以上的好望角型特大散貨船。今年1～11月份，廈門港共成功接待10萬噸級以上超大型船舶586艘次，同比增長26.6%。這些超大型船舶對航道、碼頭以及港區保障、裝卸能力要求非常高。這些如梭巨輪順利在廈門港進出，標志著廈門港已經具備世界優良港口水平。
　　同時，廈門港還加強了快速通關環境的建設，全面提升港口綜合服務能力。2008年7月30日，廈門港移植引進的最新國際轉運3.0版監管系統正式啟用，將原來“兩次申報”變成“提前一次申報，自動放行，事后核銷”，實現了轉運貨物即到即轉、即卸即裝，已放行貨物不受二程艙位限制等高效、便捷通關，推動廈門港國際中轉口岸環境進入“零滯港”時代。東渡港區三大海關閘口啟用，進一步放大“區港聯動”效應。嵩嶼碼頭創造集裝箱船每小時裝卸257.76個自然箱的廈門港船時量新紀錄，海滄7號泊位創造散貨船日產量44193噸的廈門港碼頭生產新紀錄，標志著廈門港碼頭的綜合管理和服務能力再上新臺階，為港口生產取得新突破提供了強有力的支撐。
　　而面對著嚴峻的外貿出口形勢，廈門港積極應對，變外貿為主為內外貿同步發展，鼓勵中海、中遠集團相繼在廈投入大型船舶開展內貿集裝箱中轉業務，大力開拓內貿航線，推動廈門港內貿業務快速發展。截至11月份，全港擁有內貿航線34條，完成內貿集裝箱72.24萬標箱，同比增長33.90%，成為廈門港集裝箱業務的增長亮點。
　　為了積極發展內支線中轉業務，廈門港出臺優惠政策，鼓勵干線船公司將廈門港作為周邊港口集裝箱中轉港，通過內支線轉運周邊港口貨物。鼓勵企業將服務延伸到支線港，在支線港當地設立辦公機構，為客戶提供從當地至廈門中轉上船的一條龍服務和動態跟蹤服務，方便客戶隨時掌握貨物情況。大力開辟內支線，共開通通達福州、汕頭、寧波、莆田等地的18條內支線。其中，廈門-汕頭航線為汕頭當地唯一一條國內中轉的內支線。截至11月份，內支線運輸完成28.6萬標箱，同比增長24.65%。
　　為適應廈門灣港口資源整合發展要求，實現資源綜合利用，成本最低化，2008年7月30日，廈門港正式啟用“海上駁運系統”，結束了海上駁運監管依靠紙質單證、郵件傳遞監管信息的狀況，實現了海上駁運業務監管信息化，使企業通關手續得到進一步簡化，相關單證實現電子傳輸，大大提高了物流效率。1～11月份，港內駁運共完成191艘次，15675標箱。
　　同時，廈門港全力推動海鐵聯運業務，大力實施港口腹地戰略，不斷拓展閩西北、江西等內陸貨源市場。先后在江西鷹潭、南昌等地舉辦推介會，與江西贛州、上饒，福建三明等地簽署合作建設“無水港”意向協議，與江西大型廠礦、經貿物流企業等簽訂17項合作意向。開通廈門—南昌—贛州海鐵聯運定期班列，開通廈門至鷹潭、新余等地海鐵聯運業務，開通“東北—廈門—贛州”集裝箱海鐵聯運業務，推動以外貿為主的海鐵聯運向內外貿同步發展邁進。截至11月份，海鐵聯運業務完成9402標箱，同比增長74.08%。