為實現拉開山東濟寧都市區的大框架、做大做強中心城區，落實“濟寧領跑、中心突破、圈層發展、軸線輻射”的市域空間發展策略，本次總體規劃特別強化了交通的完善和支撐帶動作用，重點解決對外交通即濟寧市的出口和對外連接問題；對內交通即實現市域內、都市圈、中心城區之間的疏通和連接，提高輻射能力，傳遞經濟、社會、文化、科技、信息等多種發展要素。同時加強機場和高速鐵路建設、進一步挖掘運河的水運能力，形成水、陸、空現代化立體交通格局。 
　　高速公路：形成兩橫兩縱格局本次總體規劃形成兩橫兩縱共4條高速公路線，分別為日東、日棗、濟徐、京福高速公路。目前日東高速與區內G105、G327、G104、京福高速公路、京滬高速鐵路相交，不但是市域東西交通的干道，也是濟寧市聯系日照、臨沂、菏澤的重要通道。京福高速公路是市域內聯系南北、特別是聯系北京、上海的重要通道。濟徐高速公路徐州段全線通車后濟寧市東西兩側將各有一條高速公路經過，高速公路的分布在市域東西得以均衡。 
　　規劃日棗高速公路向西延伸至菏澤市定陶縣，東接棗莊滕州南，接通日照港，未來成為山東省環省高速公路南段的一部分。日棗高速向濟寧方向的延伸將改善市域南部地區的對外出行條件，有利于中心地區發揮輻射帶動作用，促進圈層發展。 
　　日棗高速公路的進一步建設將與日東和京福高速共同構成濟寧市對外公路交通的骨干通道。這四條高等級高速公路將進一步提升濟寧市的交通實力和水平。 
　　快速交通：重要城鎮快速連接規劃加快公路網的建設，進一步提高高等級公路網的密度，實現縣縣之間、重要城鎮點之間的快速連通。規劃在市域范圍形成以濟寧-曲阜都市區為中心，輻射周邊、分布相對均衡的公路網。都市區內的城鎮聯系以快速路為主，與高等級公路網配合，共同形成城市間、省際間的快速交通連接。同時，逐步提高縣鄉公路建設標準，確保公路的公平服務。 
　　規劃在市域范圍形成“四橫五縱”的快速交通路網，支撐市域城鎮布局。主要有：橫向：梁山-汶上-兗州-曲阜-泗水一線，為市域北部的旅游線路；嘉祥-濟寧-兗州-曲阜南-泗水南一線，為橫貫中部的東西向交通動脈，與日東高速構成市域發展中軸；嘉祥-濟寧-太平-鄒城-城前一線，為市域中間圈層的南翼交通要道。縱向：梁山-梁寶寺-嘉祥-紙坊-金鄉-雞黍一線，與濟徐高速平行，帶動西翼城鎮間縱向聯系；吳村-曲阜-小雪-鄒城-看莊-滕州（棗莊市）-微山-韓莊一線，與京福高速一起形成市域東側交通發展軸線，聯系棗莊，接通濟南、徐州等。 
　　都市區內：引入輕軌高速交通本次總體規劃特別強調了都市區范圍內的交通連接，而且引入城際輕軌這種現代化高速交通，穿越中心城區、連接濟兗鄒曲嘉。其中，對外交通構筑以都市區規劃確定的城際軌道為主，以高速公路為輔助的面向魯南范圍客運綜合交通體系，以城際軌道為骨干，綜合協調市區的公交線路，建立便捷的對外公共交通體系；以日東高速、濟徐高速公路、繞城公路為骨干，分離通過性交通，減少通過交通與城市交通的干擾。 
　　通過普鐵、城際軌道、高速公路等交通設施的建設，為多方式聯運奠定了堅實的設施基礎。并完善對外交通系統的發展政策，與城市規劃空間布局相結合，綜合發展鐵路樞紐、重點軌道站點、長途汽車站等地區，構筑多方式綜合交通換乘樞紐，保證各交通方式在對外交通中協調、良性發展。 
　　城市道路：國道外遷分流交通規劃結合“雙城六片 區”總體城市結構，在現有城市快速路基礎上，建設“兩橫三縱”的機動車快速路，溝通東西雙城各片區之間的聯系。通過國道外遷分流東西向過境交通流，緩解老城交通壓力，并為城市交通樞紐提供快速集散的通道。以快速路為骨架結構，建設結構性主干路，保證各片區之間的聯系，作為功能片區之間的重要連接通道，集散快速通道交通，承擔主要用地功能片區間的中長距離交通聯系，規劃形成“3縱3橫”共6條重要的主干路。 
　　同時，公共交通將形成以快速公交線、公交干線、公交支線等多層級線路構成的公交線網系統。快速公交線與城市軌道線路一起作為骨干公交線貫通中心城區大部分樞紐，規劃形成“一環一縱三橫”的快速公交線空間格局。“一環”連接西城的濟北片區、老城區、濱河新區、濱湖新區，主要線路沿北外環路、濟安橋路、南十二路、 火炬路；“一縱”連接東城的兩個片區，線路沿海川路；“三橫”連接東西兩個城區，“一橫”線路沿南岱莊路－大學路－廣安路、德源路、 景云路，“二橫”線路沿太白樓路、詩仙路，“三橫”線路沿車站西路、珠江路。 
　　水運規劃結合京杭運河的保護，改善京杭大運河和南四湖航道建設，改變以單一的煤炭運輸為主的運輸結構，發展綜合運輸，使其成為濟寧聯系長三角的重要通道。規劃重點建設南躍進溝、龍拱河及郭莊港。規劃疏浚東側白馬河航道，在白馬河入湖處附近增設航運港，形成東西兩翼分流的航運格局。在嘉祥縣設置能夠與鐵路貨運站場聯運的港口。