5月11日，作為海南省2009年瓊州海峽水上交通安全專項整治活動的重要內容之一，此次活動下設的航運企業船舶組5月11日開始對海南海峽航運股份有限公司及其所屬船舶進行了檢查，拉開了此次專項整治活動對瓊州海峽船公司、船舶集中檢查的序幕。 
　　從5月6日起至6月30日，海南省將用近兩個月的時間，專項整治瓊州海峽水上交通安全隱患排查治理工作，通過安全長效管理與專項整治相結合，以有效遏制重、特大水上交通安全事故的發生，為瓊州海峽水運事業健康發展提供安全保障。此次整治涉及到海口、澄邁、臨高三個市縣，以及交通、海洋、安監、海事、消防等部門，由海南海事局牽頭組成活動領導小組，下設航運企業船舶組、港口碼頭組、通航環境組等3個專項檢查組。 
　　據悉，根據瓊州海峽船公司、船舶檢查計劃，從5月11日至5月29日，航運企業船舶組將集中對海南海峽航運股份有限公司、粵海公司、海口能運、祥隆船務等幾家航運企業進行全面的安全生產管理檢查，重點檢查這些航運企業和船舶安全管理體系審核，航運企業及船舶安全生產責任制落實，船舶安全技能水平和船員適任情況等內容，幫助企業發現并排除安全生產隱患，確保瓊州海峽水上交通安全形勢穩定。 
　　海南海峽航運股份有限公司目前主要經營海口-海安、海口-北海、海口-廣州三條航線的客船、客滾船運輸，公司現有船員801名，其中高級船員270名，普通船員531名。在11日的檢查中，航運企業船舶組首先聽取了海南海峽航運股份有限公司有關安全生產管理工作的匯報，并根據《瓊州海峽水上安全生產專項整治檢查表》內容逐項檢查落實。5月12日至19日，檢查組還將分船舶、船員、安全管理體系等三個方面，對該公司所屬船舶進行檢查。