隨著全球知識經濟不斷發展，包括中國在內，世界各國日益重視推動科技創新，以培育國家核心競爭能力，實現經濟的可持續發展。 
　　創新也正是阿里巴巴發展的內在基因。一開始，阿里巴巴沒有復制國外現有的模式，而是立足“幫助中小企業成功”，全力服務于中小企業和創業者。
　　誠信、支付、物流是電子商務必須要解決的三大難題。阿里巴巴全力協同金融、物流、認證等行業，共同構造一個“誠信、高效、便捷”的全新商務環境。
　　在誠信方面，2002年3月，阿里巴巴啟動了“誠信通”計劃，對構建一個誠信商務社會提出了創新設想。該計劃主要通過第三方認證、證書及榮譽、阿里巴巴活動記錄、資信參考人、會員評價等5個方面，來審核和記錄申請“誠信通”服務的商家的誠信。
　　在金融領域，融資難是中小企業面臨的主要困難。阿里巴巴聯合工商銀行(601398,股吧)、建設銀行(601939,股吧)，創新性地推出基于阿里巴巴電子商務平臺誠信體系的無抵押貸款服務，積極幫助中小企業解決融資難問題。截至2009年4月21日，阿里巴巴已支持銀行業針對華東地區907家企業放貸18.8億元，部分緩解了中小企業的資金需求。
　　在網上支付方面，中國郵政和支付寶合作推出的“網匯e”使得沒有網上銀行的用戶，也可進行網上安全消費。支付寶與建設銀行推出的支付寶龍卡，使得網上購物付款不再需要登錄網上銀行，有效縮短交易流程。
　　在物流領域，阿里巴巴集團與物流公司緊密合作，共同服務于電子商務用戶。以e郵寶為例，它是中國郵政專門為淘寶用戶打造的一款國內經濟型速遞業務，專為個人電子商務而設計，其價格和服務受到了廣泛歡迎。
　　阿里巴巴的創新成就獲得了全球認可。以阿里巴巴B2B公司為例：連續7年獲得福布斯最佳B2B網站之一，并被財富小企業雜志評選為全球企業家最受歡迎商業網站之一；2007年獲WhartonInfosys商業創新獎，該獎項評審委員會認為阿里巴巴以嶄新的方法推動了世界貿易。
　　目前，阿里巴巴旗下B2B公司為超過4000萬全球用戶提供電子商務服務；淘寶網成為國內最大的互聯網零售網站，注冊用戶數超過1億，全年交易額接近1000億元，約占2008年全國零售總額的1％。
　　中小企業是阿里巴巴的生存根基。阿里巴巴所有的創新行動都圍繞中小企業和創業者展開，“誠信通”和“中國供應商”及“出口通”等產品，都是建立在其需求之上。當前，國際金融危機對我國中小企業帶來了較大影響，阿里巴巴已宣布了“關于幫助阿里巴巴中小企業"過冬"生存發展的特別行動計劃”，并將推出更多舉措，扶持中小企業生存和發展。