在繼續引入加工貿易產業的基礎上，2008年封關運行的昆明出口加工區正在經歷重大調整——充分依托國家政策，實現園區經濟運行模式向綜合保稅物流區的過渡。隨著保稅物流業務的快速拓展，今年昆明出口加工區可提供稅收3000萬以上。 
　　2008年2月28日，昆明出口加工區通過國家發展改革委、海關總署等國務院九部委的驗收正式封關運行，標志著云南經濟朝外向型經濟方向發展的開始。7月11日，昆明海關在昆明出口加工區正式設立通關監管、服務常設機構并開始工作。 
　　但是，云南出口加工貿易基礎薄弱。2008年昆明96億美元的進出口額，只有5億美元是以加工貿易為主。同時，2008年進一步深化的全球金融危機使得中國的加工貿易出口受到嚴重打擊，昆明出口加工區也因此流失了一些項目。 
　　2008年底，國家同意全國范圍全部56個出口加工區拓展保稅物流功能。這一決定打破了昆明出口加工區單一從事加工貿易業務的局面，也為昆明出口加工區向集保稅物流、國際貿易等為一體的綜合型保稅區域轉型奠定了基礎。昆明出口加工區保稅物流園區項目預計2009年下半年開工，總用地約為470畝，建筑面積約40萬平方米，總投資為8億，其中保稅物流監管系統投資4.5億元。建成后，預計年產值將達60億元。其政策優勢在于國內貨物進入園區視同出口，出口即辦理退稅，一方面縮短退稅辦理時間，另一方面可以減少企業占用資金。
    昆明出口加工區鄰近昆玉、昆石高速公路，南昆鐵路的貨運站、昆河鐵路（輕軌線）、昆洛路、廣福路及昆明繞城高速。保稅物流園區項目在設計上將力求打造成中國面向東南亞、南亞地區的重要保稅物流結點，中國西南部地區的保稅物流基地，云南省保稅物流中心，構筑公路、鐵路、航空聯運的物流平臺。另一方面，項目基于出口加工區的功能拓展綜合保稅物流功能，兼具口岸和貿易功能，有口岸即可報關，無需二次轉關，大大縮短了時間成本和運輸成本。更重要的是，此舉增強了區位優勢，增加了地方稅收。加工區可收取5%的營業稅，增強可持續發展的能力，同時整合昆明一大批物流企業，涵蓋國際貿易、采購、研發、檢測維修等各個領域。