中國加工貿易經過近30年的快速發展，在國民經濟特別是開放型經濟中發揮了非常重要的作用。
改革開放以來，從“三來一補”到來料加工、進料加工，從“放養式”的加工企業、保稅倉庫、保稅工廠到“圈養式”的保稅區、出口加工區、綜合保稅區等各類海關特殊監管區域，海關保稅管理制度的改革和創新極大地推動了加工貿易的發展。
加入世界貿易組織（WTO）以后，海關將保稅監管的領域從單一的保稅加工擴大到保稅物流，進一步推動了中國國際物流業的蓬勃發展。目前，保稅監管已經成中國海關的主要監管方式，占目前海關所有監管方式的55%。
從上世紀90年代開始，我國參照國際慣例并結合中國國情設立了保稅區、出口加工區、保稅物流園區、保稅物流中心等各類海關特殊監管區域，目前已有93個，其中以保稅物流業為主的功能區36個，以出口加工制造業為主的功能區57個。 中國出口加工區生產的筆記本電腦、數碼相機、手機等產品已占世界生產總量的70%以上，實現了高新技術產品的聚集效應，上海、昆山等出口加工區周邊已形成完整的產業鏈，一個大型企業帶動周邊500-600個相關項目。
近年來，中央提出，要轉變外貿增長方式，推動加工貿易轉型升級和合理布局。海關繼續推進保稅監管制度的創新與改革，同時通過不斷簡化室內單證作業手續、提高核查有效性、促進內銷便利化、規范和加強單耗管理，推進聯網監管等措施，簡化了管理流程，提高了行政效率，適應并促進了加工貿易的轉型升級。
據統計，1980年，加工貿易進出口總值為16.7億美元，占當年進出口總值的4.4%，到2008年，加工貿易進出口總值為10535.9億美元，占當年進出口總值的41.1%，加工貿易進出口值連續多年占據中國進出口的“半壁江山”。2008年，我國實際利用外資金額923.95億美元，其中加工貿易利用外資占一半以上，解決就業人口近3500萬，為國民經濟發展做出重要貢獻。