根據國務院《關于實施成品油價格和稅費改革的通知》（國發〔2008〕37號）以及《國務院關于修改〈中華人民共和國水路運輸管理條例〉的決定》（國務院令2008年第544號），交通運輸部決定對《水路運輸管理條例實施細則》作如下修改： 
　　一、刪除第二十七條第一款中的“航道養護費”及“和運輸管理費”。刪除第二十七條第三款中的“和運輸管理費”。 
　　二、刪除第三十六條第五款中的“或計收的運輸管理費”。 
　　三、刪除第三十七條第七項“負責對運輸管理費的計收和使用管理”。 
　　四、刪除第三十九條第五項中的“運輸管理費和其他”。 
　　五、將第十條第一款、第十一條、第十二條、第十八條中的“四十天”修改為“二十日”，將第十條第二款中的“十五天”修改為“二十日”。 
　　此外，對條文的順序和部分文字作了相應的調整和修改。 
　　本決定自公布之日起施行。 
　　《水路運輸管理條例實施細則》根據本決定作相應修改，重新發布。