針對審計查出的2008年度中央單位存在的未嚴格執行政府采購的問題，財政部對2010年部門預算基本支出政府采購預算表進行了分類，并要求中央單位編制詳細的政府采購計劃。
2009年12月30日，審計署公布了2008年度中央預算執行和其他財政收支審計查出問題的整改結果。關于中央部門未嚴格執行政府采購規定的問題整改，財政部已經在2010年部門預算基本支出政府采購預算表中增加了集中采購、部門集中采購和分散采購等分類，并要求中央單位對項目支出預算表中屬于政府采購的項目，要編制詳細的政府采購計劃，為逐步細化政府采購預算創造條件。
此外，針對審計提出的“盡快修訂《預算法》，推進財政管理的統一完整和公開透明”的意見，財政部正在積極推進《預算法》修訂工作。針對審計提出的“進一步加強和改進預算管理，切實推進預算公開，增強預算的約束力和嚴肅性”的意見，財政部已經采取積極措施進行落實：一是積極推進部門預算精細化管理，建立預算編制與執行相結合的機制，加強預算支出績效評價體系建設；二是繼續推進預算公開，初步建立起了財政預算信息披露制度，主動公開了2008年全國財政收支決算情況，并加強對地方預算公開的指導。
據悉，審計署《關于2008年度中央預算執行和其他財政收支的審計工作報告》公布后，各被審計單位認真整改，截至2009年11月底，已追回或歸還被擠占挪用的資金26.34億元，同時根據審計建議完善各項制度規定1125項。