2009年來(lái)，福州海關(guān)推行出口分類通關(guān)試點(diǎn)、與其他海關(guān)簽署區(qū)域通關(guān)合作協(xié)議，以提高出口通關(guān)速度。 　　據(jù)福建日?qǐng)?bào)2月5日?qǐng)?bào)道，4日，閩侯閩興編織品有限公司報(bào)關(guān)員陳捷只用12分鐘就在馬尾海關(guān)報(bào)關(guān)大廳辦完一票出口貨物的報(bào)關(guān)手續(xù)。這比過(guò)去至少快一倍的通關(guān)速度，并非陳捷一人偶然碰上。2009年以來(lái)，福州海關(guān)先行先試，多措并舉為海西通關(guān)提速，進(jìn)口平均海關(guān)通關(guān)時(shí)間3.7小時(shí)，同比減少18.14%；出口平均海關(guān)通關(guān)時(shí)間0.8小時(shí)，同比減少66.39%；進(jìn)口日通關(guān)率73.12%，同比增加5.7%；出口日通關(guān)率97.04%，同比增加9.38%。
　　從2009年6月份起，福州海關(guān)先后在海運(yùn)、空運(yùn)口岸推行出口分類通關(guān)試點(diǎn)，對(duì)守法企業(yè)不同風(fēng)險(xiǎn)等級(jí)的貨物設(shè)置“低風(fēng)險(xiǎn)快速放行”、“低風(fēng)險(xiǎn)單證審核”、“高風(fēng)險(xiǎn)重點(diǎn)審核”三種通關(guān)作業(yè)模式，提高出口通關(guān)速度。2009年，福州海關(guān)各口岸現(xiàn)場(chǎng)共受理分類通關(guān)報(bào)關(guān)單94470份，占同期福州關(guān)區(qū)報(bào)關(guān)單總量的41%，88%的出口貨物通過(guò)“低風(fēng)險(xiǎn)快速通關(guān)通道”實(shí)現(xiàn)了快速通關(guān)，平均海關(guān)通關(guān)時(shí)間0.24小時(shí)，同比減少86%，最快的一票報(bào)關(guān)單放行只需5秒鐘。 
　　此外，還先后與深圳、天津、拱北海關(guān)簽訂了區(qū)域通關(guān)合作協(xié)議，將區(qū)域合作范圍擴(kuò)大至長(zhǎng)三角、珠三角、環(huán)渤海以及中西部地區(qū)22個(gè)重點(diǎn)口岸。2009年，福州海關(guān)跨關(guān)區(qū)區(qū)域通關(guān)報(bào)關(guān)單同比增長(zhǎng)22.95%。 
　　2009年，福州關(guān)區(qū)AA類、A類企業(yè)中，有15家2008年度進(jìn)出口值未滿50萬(wàn)美元、22家2008年度進(jìn)出口報(bào)關(guān)差錯(cuò)率達(dá)3%而面臨降級(jí)。福州海關(guān)沒(méi)有簡(jiǎn)單對(duì)企業(yè)進(jìn)行降級(jí)，而是深入調(diào)研，專門(mén)行 文向海關(guān)總署反映、請(qǐng)示并得到特別批復(fù)同意，為企業(yè)爭(zhēng)取到保級(jí)并繼續(xù)享受便利通關(guān)的權(quán)利。 
　　海關(guān)編制體制向口岸一線調(diào)整。為促進(jìn)福州新港大發(fā)展，福州海關(guān)專門(mén)在馬尾對(duì)臺(tái)客運(yùn)碼頭增設(shè)旅檢科，加快通關(guān)速度。 
　　落實(shí)七天工作制全天候通關(guān)。據(jù)統(tǒng)計(jì)，2009年，福州海關(guān)周末累計(jì)安排加班768小時(shí)，9,792人次，審核進(jìn)出口報(bào)關(guān)單57,857份，同比增長(zhǎng)20.28%。據(jù)福州海關(guān)統(tǒng)計(jì)，盡管受到國(guó)際金融危機(jī)影響，福建省2009年進(jìn)出口仍實(shí)現(xiàn)796.6億美元，同比下降6.1%，比全國(guó)平均降幅低7.8個(gè)百分點(diǎn)。