2009年來，福州海關推行出口分類通關試點、與其他海關簽署區(qū)域通關合作協(xié)議，以提高出口通關速度。 　　據(jù)福建日報2月5日報道，4日，閩侯閩興編織品有限公司報關員陳捷只用12分鐘就在馬尾海關報關大廳辦完一票出口貨物的報關手續(xù)。這比過去至少快一倍的通關速度，并非陳捷一人偶然碰上。2009年以來，福州海關先行先試，多措并舉為海西通關提速，進口平均海關通關時間3.7小時，同比減少18.14%；出口平均海關通關時間0.8小時，同比減少66.39%；進口日通關率73.12%，同比增加5.7%；出口日通關率97.04%，同比增加9.38%。
　　從2009年6月份起，福州海關先后在海運、空運口岸推行出口分類通關試點，對守法企業(yè)不同風險等級的貨物設置“低風險快速放行”、“低風險單證審核”、“高風險重點審核”三種通關作業(yè)模式，提高出口通關速度。2009年，福州海關各口岸現(xiàn)場共受理分類通關報關單94470份，占同期福州關區(qū)報關單總量的41%，88%的出口貨物通過“低風險快速通關通道”實現(xiàn)了快速通關，平均海關通關時間0.24小時，同比減少86%，最快的一票報關單放行只需5秒鐘。 
　　此外，還先后與深圳、天津、拱北海關簽訂了區(qū)域通關合作協(xié)議，將區(qū)域合作范圍擴大至長三角、珠三角、環(huán)渤海以及中西部地區(qū)22個重點口岸。2009年，福州海關跨關區(qū)區(qū)域通關報關單同比增長22.95%。 
　　2009年，福州關區(qū)AA類、A類企業(yè)中，有15家2008年度進出口值未滿50萬美元、22家2008年度進出口報關差錯率達3%而面臨降級。福州海關沒有簡單對企業(yè)進行降級，而是深入調(diào)研，專門行 文向海關總署反映、請示并得到特別批復同意，為企業(yè)爭取到保級并繼續(xù)享受便利通關的權(quán)利。 
　　海關編制體制向口岸一線調(diào)整。為促進福州新港大發(fā)展，福州海關專門在馬尾對臺客運碼頭增設旅檢科，加快通關速度。 
　　落實七天工作制全天候通關。據(jù)統(tǒng)計，2009年，福州海關周末累計安排加班768小時，9,792人次，審核進出口報關單57,857份，同比增長20.28%。據(jù)福州海關統(tǒng)計，盡管受到國際金融危機影響，福建省2009年進出口仍實現(xiàn)796.6億美元，同比下降6.1%，比全國平均降幅低7.8個百分點。