基于海關(guān)和外匯的特殊管理機制，保稅區(qū)形成特殊的圍繞四大基本功能的基本運作形式： 
第1種 保稅倉儲等保稅物流運作形式 
    保稅區(qū)內(nèi)實行“境內(nèi)關(guān)外”的政策，這樣一來在保稅區(qū)內(nèi)形成相當寬松優(yōu)惠的保稅政策，即貨物從海外進入保稅區(qū)不視同進口，只有從保稅區(qū)再進口國內(nèi)時才視同進口，貨物從國內(nèi)到保稅區(qū)視同出口，這樣就形成了以保稅倉儲為核心內(nèi)容的保稅物流運作形式。 
三資加工貿(mào)易企業(yè)可以利用保稅區(qū)的物流功能，從保稅區(qū)進口原材料，將半成品或成品出口保稅區(qū)，完成加工貿(mào)易手冊的核銷工作，將各種轉(zhuǎn)廠手續(xù)變成進出口手續(xù)，從而大大提高物流效率節(jié)省物流成本，此外可以將出口的產(chǎn)品進行內(nèi)銷而沒有內(nèi)銷比例等審批限制。 
    在中國采購的國際企業(yè)可以將采購出口貨物的配送中心設(shè)在保稅區(qū)，直接對國外市場進行貨物配送，從而解決銷售地高成本配送問題。 
銷售中國市場的進口貨物可以先保稅倉儲在保稅區(qū)內(nèi)，再根據(jù)實際的銷售數(shù)量和形式進行貨物清關(guān)工作，一方面可以減少供應鏈維系的資金積壓成本（海關(guān)稅金占用流動資金），另一方面可以適應中國企業(yè)的不同銷售形式（免稅銷售和完稅銷售）。 
第2種 出口加工等加工運作形式 
    保稅區(qū)內(nèi)的加工貿(mào)易企業(yè)不實行銀行保證金臺帳、不實行外匯核銷制度，非常有利于企業(yè)開展出口加工工作。 
保稅區(qū)內(nèi)加工貿(mào)易企業(yè)使用的進口設(shè)備全部實行免稅，不受項目內(nèi)容限制和投資總額的限制。 
第3種 國際貿(mào)易等貿(mào)易運作形式 
   中國國內(nèi)目前還不允許外資獨資成立單純貿(mào)易性企業(yè)，但在保稅區(qū)可以成立并可以取得一般納稅人的權(quán)利，擁有人民幣帳戶、可開增值稅發(fā)票，實際上已經(jīng)擁有在國內(nèi)從事純貿(mào)易活動的權(quán)利，這是保稅區(qū)的國內(nèi)貿(mào)易功能。 
    目前國內(nèi)的貿(mào)易性公司無法從事轉(zhuǎn)口貿(mào)易，但保稅區(qū)內(nèi)的企業(yè)有外幣的現(xiàn)匯帳號，可以從事外幣結(jié)算貨物的貿(mào)易活動，實際上是擁有了國際轉(zhuǎn)口貿(mào)易的功能。 
    保稅區(qū)內(nèi)的貿(mào)易性企業(yè)同時擁有國內(nèi)貿(mào)易和轉(zhuǎn)口貿(mào)易雙重身分的權(quán)利，這就構(gòu)成了保稅區(qū)的貿(mào)易功能多樣化形式。 
第4種 商品保稅展示等展示運作形式 
    由于保稅區(qū)實行的是國際自由貿(mào)易區(qū)的模式，因此國際商品的保稅展示成為一項重要的保稅區(qū)功能運作形式。 
    從國外運往中國的貨物可以在保稅區(qū)內(nèi)進行商品展示，可以設(shè)立相應的展覽場館，安裝模擬使用國際的各種產(chǎn)品，這樣一來非常有利于國際產(chǎn)品銷售到中國，一方面大大降低展覽成本，簡化展覽產(chǎn)品的通關(guān)手續(xù)，另一方面縮短考察的時間相應減低了國內(nèi)企業(yè)的采購成本。 
目前在全國的保稅區(qū)內(nèi)主力展示的商品為保稅汽車和大型工程機械成套設(shè)備，由于這些產(chǎn)品國內(nèi)展示成本非常高，保稅區(qū)展示優(yōu)勢非常突出。