三十年間，廈門經濟特區(qū)走過了一段跌宕起伏、波瀾壯闊的發(fā)展之路，廈門海關也和特區(qū)一道歷經巨變，見證輝煌。 
　　離休老關長秦惠中說，1980年廈門海關建制收歸中央，實行垂直領導。1984年2月鄧小平同志到廈門視察后，廈門經濟特區(qū)從原來的2.1平方公里擴大到廈門全島（包括鼓浪嶼）。為適應外貿業(yè)務發(fā)展需要，1984年7月，廈門海關從縣處級機構升格為廳局級機構。時任廈門市政府秘書長的秦惠中在之后不久受命擔任廈門海關關長。
隨著1980年、1983年廈門-香港客輪和班機相繼通航，廈門口岸進出境旅客逐年增多，郵遞物品進境開始大幅下降。據(jù)秦惠中回憶，開航之初，旅客攜帶的多為衣物、布料等，隨著百姓生活水平的逐漸提高，攜帶物品逐漸轉為家用電器。與此同時，廈門口岸的進出境旅客也從1982年的數(shù)千人逐漸擴大至1989年27萬余人。為確保旅客高效通關，廈門海關對旅客行李物品的監(jiān)管方式被定為“普遍開箱、重點抽查”，后來又引入X光機代替普遍開箱。1986年，海關實行紅綠通道，再一次簡化了通關手續(xù)。 
　　對外貿易在這一時期也開始發(fā)展起來，當事進口的主要是化肥、小麥、大米等物，出口則以陶瓷、茶葉等土特產為主。剛退休的廈門海關原調研員老肖回想當年仍然記憶猶新。80年代初期，進出口商品種類少，外貿企業(yè)僅有5家，因此，他和同事18人就負責了全廈門關區(qū)的進出口通關業(yè)務，全是手工作業(yè)，計稅用的是算盤。1980年，廈門海關監(jiān)管貨運量僅為81.98萬噸，稅收僅為1692萬元。
　　1985年以后，在特區(qū)優(yōu)惠政策的吸引下，外資企業(yè)開始進駐廈門，保稅倉庫及保稅工廠、加工貿易等多種海關監(jiān)管業(yè)務應運而生，監(jiān)管量迅猛增長。廈門海關在海關總署的統(tǒng)一組織下，啟用了通關系統(tǒng)，實現(xiàn)電子化作業(yè)，同時建立起對來料加工業(yè)務的前期管理、現(xiàn)場監(jiān)管和后續(xù)管理“三位一體”的監(jiān)管體系，促進了廈門外貿業(yè)務的健康快速發(fā)展。1999年，廈門海關監(jiān)管貨運量達到1459.05萬噸，稅收也增至47.65億元。
　　特區(qū)新起點：海關發(fā)展新機遇
　　隨著新中國昂首邁入21世紀，海峽兩岸關系健康發(fā)展和“海西”戰(zhàn)略的實施，廈門經濟特區(qū)和廈門海關也進入了新的發(fā)展階段。
　　保稅區(qū)、出口加工區(qū)、保稅物流園區(qū)、保稅物流中心、保稅港區(qū)……處于對外開放前沿的廈門特區(qū)貿易方式日益豐富，擁有了一應俱全的海關特殊監(jiān)管區(qū)域。“區(qū)港聯(lián)動”、“空運聯(lián)程轉關”、“分批入?yún)^(qū)、集中申報”，廈門海關不斷改革監(jiān)管模式，使這些特殊監(jiān)管區(qū)域迸發(fā)出巨大的活力，保稅物流成為廈門特區(qū)經濟又一增長點。
　　站在廈門高點朝港口放眼望去，堆積如山的集裝箱、熙來攘往的運輸車輛、絡繹不絕的國際航線船舶，一個國際樞紐港已呼之欲出。廈門海關適時通過推廣“屬地申報、口岸驗放”、“海鐵聯(lián)運”、“陸空聯(lián)運”等一系列通關新模式，逐步將港口腹地向內陸輻射，構建起“海西”對外開放“大通道”。
　　2009年，廈門海關監(jiān)管的貨運量已達到5606.64萬噸，稅收攀升至189.92億元；在廈門關區(qū)登記注冊的外貿企業(yè)近2萬家。為滿足快速增長的外貿發(fā)展需求，廈門海關實施了“5+2”工作制，充實技術查驗設備，實施分類通關改革，不斷提高通關效率。
　　與此同時，在海關的推動下，擁有區(qū)位優(yōu)勢的廈門特區(qū)也在兩岸經貿交流中發(fā)揮了積極的作用。曾經是兩岸炮戰(zhàn)前沿的廈門大嶝島建起了全國唯一的對臺小額商品交易市場；通關的便利使金廈海上客運直航成為兩岸人員往來的“黃金通道”；廈門已成為大陸最大的臺灣“零關稅”水果和水產品的進口集散地。如今，兩岸間“大三通”的持續(xù)推進又給廈門海關工作提出了更高的要求。
　　30年來，廈門海關見證并參與了廈門經濟特區(qū)的建設、發(fā)展和騰飛，而今，廈門經濟特區(qū)已從廈門島擴大到廈門所有行政區(qū)域，國務院《關于支持福建省加快海峽西岸經濟區(qū)的若干意見》實施已屆兩周年，兩岸經濟合作框架協(xié)議也已正式簽署，廈門海關和廈門經濟特區(qū)一道，迎來了新的發(fā)展機遇。站在新的歷史起點，廈門海關將以更加飽滿的熱情、更加旺盛的斗志，投入到廈門經濟特區(qū)、海峽西岸經濟區(qū)新一輪跨越發(fā)展的熱潮之中。