1．思想認識障礙
全社會綠色物流理念淡薄，綠色物流的思想還沒確立;各級政府對其重視程度遠遠不夠;企業片面追求局部效應和短期經濟效益，忽視物流活動對環境的負面效應。
2．體制政策障礙
我國物流業傳統的條塊分割管理體制、多頭管理、分段管理體制，造成物流各部門之間缺少有效的協調，物流體系內在聯系被人為分割，嚴重制約物流體系的整體統籌與規劃，影響各種物流服務的協調發展，妨礙物流社會化、集約化進程，導致物流資源的嚴重浪費。綠色物流的發展離不開政府的引導與支持，目前我國在綠色物流產業政策方面還缺少相應的扶持政策，各種法律法規也有待完善。
3．基礎設施障礙
近幾年來，盡管我國物流基礎設施已有較大的改善，但與我國經濟以及物流產業的發展要求相比，與發達國家相比仍存在著較大的差距，這在相當程度上影響著我國物流效率的提高，不利于綠色物流快速健康發展。主要表現在：首先，我國交通運輸基礎設施總體規模仍然偏小，按國土面積和人均數量計算的運輸網絡密度，美國為6869.3公里/萬平方公里和253.59公里/萬人，德國為14680.4和65.94，我國僅為1344.48和10.43，遠遠落后于歐美發達國家。其次，缺乏能夠有效連接不同運輸方式的大型綜合貨運樞紐、服務于區域經濟或城市的物流基地、物流中心等現代化物流設施，嚴重影響物流集散和運輸效率的提高。第三，物流設施結構不盡合理，不能充分發揮現有物流設施的效率。
4．技術障礙
我國物流信息管理水平和技術手段比較落后，先進物流信息技術開發應用滯后，缺乏必要的公共物流信息平臺。訂單管理、貨物跟蹤、庫存查詢等物流信息功能較弱，制約了物流運行效率和服務質量的提高。不同物流部門之間技術、設備、信息標準不統一，非標準化行為相當普遍，尤其在包裝、運輸、裝卸等一些流通環節缺乏統一的標準，造成物流成本上升，資源浪費，不利于參與國際競爭。
5．人才障礙
隨著我國現代物流產業的蓬勃發展，對物流人才的需求也急劇增加，物流人才的嚴重匱乏已經成為制約我國現代綠色物流業發展的瓶頸，物流專業人才也被列為我國12類緊缺人才之一。當前我國現有的物流從業人員整體素質還比較低，缺乏既懂管理又懂技術的高素質復合型人才;物流學歷教育與培訓認證工作滯后;物流師資力量薄，教育手段落后，嚴重制約綠色物流的快速發展。