農副食品加工業物流成本是指在農副食品原輔料購進和農副食品產成品銷售過程中產生的費用，包括運輸、儲存、包裝、流通加工等活動的費用。物流成本是農副食品成本的重要組成部分，要降低農副食品價格，除了降低農副食品本身的生產成本外，必須降低農副食品的物流成本。 　　2010年全國重點企業物流統計調查數據顯示，2009年我國農副食品加工業物流成本依然偏高，同時物流效率有所下降，與發達國家存在一定的差距。
　　農副食品加工業物流規模快速增長。根據行業統計和調查企業數據推算，2009年我國農副食品加工業物流總額2.9萬億元，同比增長17%，農副食品加工業貨運量10.6億噸，同比增長27.5%；農副食品加工業物流費用率有所上升。調查企業匯總數據顯示，2009年農副食品加工業物流成本費用率為12.9%，同比提高0.2個百分點。按此物流費用率推算，2009年我國農副食品加工業物流成本大約3563.6億元，比2008年增長55.2億元。
　　運輸環節物流成本占一半以上。管理成本占14%，同比上升1.8個百分點，倉儲成本占12.7%，同比提高2.6個百分點，包裝成本占2.1%，同比提高0.5個百分點，配送成本占8.2%，同比提高3個百分點，流通加工成本占0.6%，同比提高0.5個百分點。
　　農副食品加工業物流效率與發達國家差距拉大。2009年日本農副食品加工業物流費用率為9.12%，比我國低3.78個百分點，我國農副食品加工業物流效率與日本差距有所擴大。中國農副食品加工業物流如果達到日本同業的水平，2009年我國農副食品加工業物流可節約近30%的物流成本。