回顧鐵路法院和檢察院自1978年成立至今，34年來一直是人們對鐵路體制詬病最多的一個方面。1986年10月，中央政法委決定撤銷鐵路運輸高級法院，原計劃要一并撤銷兩級法院和檢察院。但由于當時的體制問題，并沒有立即撤銷，保留至今已經26年。26年來，人們對鐵路法檢兩院的合法 （憲法）性、公正性爭論不斷，甚至有的當事人在法庭上公開質問法官鐵路法院違法 （憲法）。為此，2004年,中央司法體制改革領導小組提出 “改革鐵路、交通、民航等部門和企業管理公檢法的體制”。2009年7月,中央有關部門專門下發鐵路司法管理體制改革及核定編制的 《通知》,但改革的實際推進并不理想，其原因是多方面的。有人認為，鐵路線穿越很多省份，發生在鐵路上的犯罪案件到底由誰管轄？地方法院、檢察院案件管轄是屬地管轄，鐵路發生的案件 “滿地跑”，全交給地方辦，成本太高，而且沒有人來協調。如果全部撤銷，鐵路法治建設將大倒退。也有人認為，鐵路法檢兩院沒有必要，應予撤銷。其中提出過多種方案。目前的做法，基本上按屬地原則移交相關地方。但是問題和矛盾還是存在。
    山西的移交做得快一點，與太原鐵路法檢兩院均在山西省管內有關，不涉及到與其他省份協商的問題。而像北京、上海、蘭州、廣州、鄭州等鐵路局的兩級法院均涉及到兩個及其以上的省市（自治區），劃歸哪個省高級法院管轄，其協調的難度要大得多。比如北京鐵路法檢兩院移交地方后，北京鐵路中級法院、檢察分院既管北京地區，又管天津和河北，人財物歸當地管，但業務指導又是北京的中級法院、鐵檢分院，非常不順。同時由于鐵路法檢兩院是以鐵路線路管界為劃分司法管轄依據，與地方法院的屬地原則又有沖突。一個地方人大任命的法官要審理跨區域的案件，其權限是否合乎憲法，也是有爭議的。加上鐵路改革正在進行，原來鐵路法檢兩院對應的管界是鐵路局，一旦鐵路局的管界發生變化，進行了調整，鐵路法檢兩院的管轄范圍要不要跟著調整，也是個問題（我主張撤銷兩院，按地域管轄案件。因為鐵路案件沒有專業性，相比知識產權案件，鐵路經濟糾紛更要簡單得多）。
    因此，鐵路法檢兩院回歸司法體制只是鐵路司法體制改革的第一步，重要的是如何保證鐵路司法的公正性、獨立性和客觀性，這才是鐵路司法體制改革的終極目標。雖然從體制上看移交會很快完成，但是鐵路法檢兩院要融入到整個司法體制之中，鐵路司法機關與地方司法機關之間的協調難度還很大。在管轄權方面，跨區域執法仍會存在諸多矛盾，條條與塊塊如何有機結合、如何避免選擇性執法也是需要協調的問題。
    對鐵路而言，鐵路法檢兩院剝離后，面臨著如何加強鐵路法制，以適應沒有鐵路司法機關的新問題。過去鐵路公檢法齊全，黨委出面，協調辦案，辦起事很 “方便”。如今，鐵路不再管司法機關，鐵路要以市場主體的身份接受司法管轄，因此鐵路企業首先要學會依法辦事，要加強企業法律顧問工作，切實維護鐵路的合法權益。同時也要與鐵路法檢兩院保持溝通與協調，對于侵害鐵路運輸安全和合法權益的行為，要積極尋求司法保護，依法維護鐵路運輸生產秩序，保證鐵路運輸的安全與暢通。
    我們希望鐵路司法體制改革不僅要有利于理順國家的司法體制，有利于法制的統一，而且也要有利于鐵路的發展，有利于保障鐵路運輸安全。