交通運輸部水運局局長宋德星稱，正在跟財稅部門協商研究，希望能夠在一些政策細則上有所調整。
 
　　2013年年報披露已近尾聲，記者梳理年報數據發現，作為最早開始“營改增”改革的行業，也是受宏觀經濟影響最大的行業，交通運輸業部分上市公司似乎仍難渡過“營改增”帶來的增負“陣痛期”。
　 
　　年報數據顯示，交通運輸業的“翅膀”——航空業呈現持續低迷，以中國國航為例：2013年中國國航實現營業收入976.28億元，同比減少2.22%。其中主營業務收入為955.52億元，同比減少2.45%。中國國航年報稱，主要是受“營改增”政策影響。
 
　　“2013年航空公司整體油價水平是低于2012年的，國航的航油成本約為337億元，同比減少19.18億元，減幅為5.38%。但因為 營改增 ，還原為同口徑之后，航油成本同比增長1.57%；同樣受到影響的還有航食成本，雖然同比減少2.46億元，但因為 營改增 相關政策影響，航食成本同比增加了3.06%。”中國國航年報顯示。
 
　　“影響行業利潤和成本的因素很多， 營改增 對行業利潤的影響需要看 營改增 直接導致的利潤影響有多少，才能有客觀衡量。”上海財經大學教授胡怡建在接受《證券日報》記者采訪時表示，如果行業內多數公司都因“營改增”整體稅負增加，那確實是行業性影響，否則可能僅是部分企業或個別項目的現象，導致成本上升和利潤下降的因素很多，不能輕易因個別現象將之歸咎于營改增。
 
　　除航空業以外，國內的航運企業2013年業績表現也不樂觀。根據已經發布2013年業績報告的十幾家國內航運公司的公告，包括中海集團旗下的中海發展和中海集運都預告虧損。與此同時，“營改增”以后，航運業的稅負也面臨不降反增的現象。
 
　　“營改增后航運業適用的營業稅稅率偏高。”中海集團總會計師蘇敏指出，航運業原營業稅制下的稅率為3%，“營改增”后適用稅率為11%，充分考慮進項抵扣，相當于將原營業稅率提高至4.5%。“蘇敏同時指出，航企大量船舶投資集中在2009年至2011年實施，而”營改增“后2012年以前購入船舶未納入抵扣范圍，大量存量增加了企業稅負。
 
　　“營改增后實際稅負可能增加的企業，其痛苦是一段時期的問題，并可以此作為推動企業發掘專業化細分潛力、提升品牌、升級轉型的壓力和動力，變被動為主動。”針對交通運輸業部分企業稅收暫時出現上升的陣痛現象，財政部財政科學研究所所長賈康表示，不能因為少數企業稅負上升了就否定”營改增“的必要性。