汶川特大地震發生后，重慶市港航局迅速啟動水路運輸組織應急預案，并及時與三峽通航管理局和湖北省港航局進行了協調，以保證運輸救災物資船舶優先通過三峽船閘，運輸救災物資車輛優先上滾裝船。 
        從5月13日至20日，重慶市港航局已組織協調5艘次船舶、11800噸柴油優先通過三峽船閘，434輛運輸救災物資的車輛優先上滾裝船，并免收滾裝車輛運費及各項規費78萬余元，確保了將油品、疾控車、救護車、電信工程車、藥品、食品運輸車等物資和車輛盡快中轉至四川災區。 
        重慶市郭家沱滾裝碼頭在確保抗震救災物資水上“綠色通道”暢通的同時，做到抗震救災物資車輛優先裝卸，確保其安全及時到達災區。港航部門免收滾裝碼頭抗震救災物資車輛貨港費，提倡滾裝公司優惠運輸抗震救災物資車輛。 
        重慶市港航局還號召全市水運行業企業和廣大干部職工為災區積極捐款，據不完全統計，截至5月20日，全市水運行業捐款已超過500萬元。