重慶市交委以三峽工程蓄水為契機，致力于建設長江上游航運中心打造國際貿易水運大通道。一是科學完善航運發展規劃。組織專家形成《重慶統籌城鄉交通發展戰略研究》、《重慶構建長江上游地區綜合交通樞紐戰略研究》、《長江上游航運中心戰略研究》等3個戰略規劃。使航運規劃更具前瞻性和可持續性。二是精心組織，提高航道等級。全力改造長江、嘉陵江、烏江航道，提高通行能力；形成主城、涪陵、萬州3個樞紐港區；永川、江津、合川、奉節、武隆5個重點港區。到2012年力爭建成主城寸灘、果園、南岸東港和茶園、九龍黃謙、萬州江南、涪陵黃旗、長壽重鋼新廠區、忠縣海螺水泥廠等大型專業化碼頭。使重慶港成為長江干線南京以上最大的內河港口，繼續保持貨運船舶平均噸位居全國內河之首的地位。三是優化運力結構。大力發展集裝箱、化危品、干散貨、滾裝汽車和旅游客運等專業運輸船舶。力爭2012年全市港口貨物吞吐能力達1.4噸，集裝箱和滾裝汽車吞吐能力分別達到300萬標箱、160萬輛，貨運量達到1.2億噸。形成以重慶保稅港區為依托、航運企業聚集、航運要素市場活躍、配套服務完善的國際貿易與航運服務區。